A有限責任公司由兩位自然人持股，主要資產是一幢不動產，現在計劃分立。在條件都符合59號文的情況下，被分立公司企業所得稅適用特殊性稅務處理。

 那么問題來了：自然人持股公司適用特殊性稅務處理嗎？自然人股東應該在分立后視同分配或清算而繳納股息紅利個人所得稅嗎？

         企業分立，可以視為被分立企業將需要分立的資產以減資的形式分配給現有股東，股東再用分得的資產注冊設立一家新企業。

重組交易中，股權收購中轉讓方、合并中被合并企業股東和分立中被分立企業股東，可以是自然人。當事各方中的自然人應按個人所得稅的相關規定進行稅務處理。在存在自然人股東的情況下，并不影響被分立企業適用企業所得稅特殊性稅務處理。

        假設按照該分離資產的計稅基礎X作價分配給現存自然人股東，自然人股東持有被分立企業減資部分對應的股權的計稅基礎Y，如果X＞Y，差額按照股權轉讓所得由自然人股東繳納20%的個人所得稅。

        自然人股東按照計稅基礎X取得減資分配的資產后，再按照公司法規定的評估值Z出資設立分立企業，Z大于X的部分屬于非貨幣性資產出資發生的增值，需要繳納個人所得稅，但可以按規定適用分期納稅。